In 1797 ging hij in dienst van het indisch-hollandsch gouvernement over, werd later o.a. resident van Soerabaya. In deze laatste betrekking bracht hij in 1807 er veel toe bij, om Soerabaya en de vloot, die bestemd was naar de Molukken, tegen vernieling te bewaren nadat men zich bedrogen zag door het gedrag van kolonel Cowell, die, in strijd met het volkenrecht, den zoon van den engelschen admiraal Pellews als parlementair gezonden, krijgsgevangen had gemaakt, ten gevolge waarvan de engelsche vloot alles verwoest zou hebben, indien het burgerlijk bestuur niet door verstandige middelen den dreigenden storm had afgeweerd. Van Alphen verliet 1808 Java, werd door de Engelschen gevangen genomen en begaf zich naar N.-Amerika, waar hij eenigen tijd bleef. In het vaderland teruggekomen, zette hij zich metterwoon in Gelderland neer en beraamde heimelijk met de engelsche regeering plannen om Java aan Nederland terug te bezorgen, ging zelfs ervoor naar Londen. In 1815 werd hij tot lid der 2e Kamer gekozen, wat hij tot zijn dood bleef; zijn redevoeringen (vgl. o.a. de Bosch Kemper, Staatkundige geschiedenis tot 1830 en Gesch. na 1830) deden hem kennen als een man van hooge geestesgaven en schitterend door welsprekendheid. Hij had zich in 1815 te Stadwijk bij Voorschoten gevestigd, was daarna raad en burgemeester van Leiden, tevens hoogheemraad van Rijnland en lid der Maatschappij der Ned. Letterkunde.
Hij was gehuwd: 1o. in 1798 te Soerabaya met Jeanne Guillemine de Vignon d'Avrincourt, geb. te Maastricht 8 Febr. 1774, overl. op de terugreis van Batavia naar Nederland in Mei 1809; 2o. te Doorwerth op 15 Febr. 1810, met Louise Rudolphine Julie de Vignon d'Avrincourt, geb. te Maastricht 22 Sept. 1785, overl. te Bonn op 17 Januari 1869, beide dochters van mr. Willem Daniël, burgemeester van Maastricht, en Elizabeth Catharina Cossa. Hij had in het geheel achttien kinderen, waaronder zeven zoons. Bij K.B. van 16 Sept. 1815 werd van Alphen in den nederlandschen adelstand verheven met het praedicaat van ‘jonkheer’. Een zijner zoons heeft zijn portret geteekend, dat door L. Springer op steen is gebracht.
Hij schreef: Iets over Armoede en het gebrek aan arbeid, in betrekking tot huishoud- en staatkunde (Leid. 1820); Redevoering over het ontwerp van wet der geldleening ten behoeve van de overzeesche bezittingen enz. (Leid. 1826).
Zie: Siegenbeek in Handel. Letterk. 1841, 16; Hand. en Geschr. Ind. Gen. II (1855) 41.
Breukelman